本件は11/18/2015にリリースされたv.2.49で修正されました。
これまでそういった問題は起きていなかったのですが、Jedit X Web版がAppStore版Jedit X Plusのライセンスを認識しないと言う問題が発生し、今日、期限切れになってしまいました(会社と自宅のMacで再現)。
ちなみにAppStore版がなくなった件についての詳細はこちらをご覧ください。
AppStore版 Jedit X Standard/Jedit X Plus 公開中止について | Artman 21
本件は作者のサポートサイトに状況を説明し、バグと認識していただけたようです。
とりあえずAppStore版Jedit X Plusは印刷に不具合はある(この修正が入る前のバージョンであるため)ものの、El Capitanでも動作するのでしばらくはそちらを使おうと思います。