そもそもXenDesktop 5.0は動作保証OSとして、Windows Server 2008 R2 SP1をあげていないのですが、試しにインストールしてみた所、Desktop Studioの初期設定でこけてしまい、まともに動きません。
また、ライセンスサーバーでライセンスファイルを読み込ませても反映されず、コア部分がうまく動いていない感じです。ちなみに以下のOSでは無事導入できたのを確認しています。
Windows Server 2008 R2 x64だと更新してしまうとSP1になってしまうので、Windows Server 2008 SP2 x64で動かすほうがよいのかもしれません。
とりあえず、この結果をコメントしておきました。