Docker DesktopをmacOSにHomebrewでインストールすると、そういう警告が初回だけ表示されていたのですが、最近のアップデートで「Automatically check configuration」という設定が4.28.0で追加されており、デフォルトでオンになっています。
その結果、このような感じで警告が定期的に出てしまいます。「Re-apply configurations」を実行してもまたしばらくするとその警告が。 設定をいじる前はメインウィンドウにも警告が表示されていました。 あくまで警告なので無視し解けば良いのですが、毎回見えるのはちょっと嫌です。
というわけで、該当の設定をオフにしてDocker Desktopを再起動しました。
これで警告が表示されないようになり、解決です。
設定が書き換えられていたら警告を出すというのは、セキュリティー的なことを考えると重要なことです。悪意のあるアプリケーションがアプリケーションの設定を変えて望まぬ動作をするきっかけになる可能性があるためです。何が設定を書き換えているのかが分かれば良いんですけどね。