セキュリティとバグフィックスメインのiOS 9.2.1、OS X El Capitan 10.11.3がリリースされたので、バックアップを取ってからiPhone 5cとiPad gen4、MacBook Proでアップデートを実行しました。iOS 9.2.1、OS X El Capitan 10.11.3ともに問題ありませんでした。
iOS 9.2.1ではiPhone 6s/6s Plusでバッテリーの残量がおかしなことになる問題 (→ディスカッションフォーラムの投稿 / Appleちゃんねるの記事)、OS X 10.11.3では OS XのOpenSSHで鍵が漏洩する問題は修正されていないようです。それぞれ提示されている回避方法を実施するなどが必要みたいです。
Appleちゃんねるの記事によるとOS X 10.11.3については
アップデート内容などは公開されていませんが、周辺機器を繋げたままでアップデートすると稀に不具合が起こる場合[1, 2, 3]が報告されているので、OS X 10.11.3アップデートを適用する際は注意して下さい。
とのことです。自分の環境では特に問題は起きませんでした。
ちなみにwatchOSの更新はありませんでした。
[1/22 追記]
